成为火影后，我也没有放弃对大蛇丸的部下的收编计划，药师兜的投靠使得君麻吕没有得知大蛇丸的事就已经病死了。红莲也被四人众打败，归隐山林。
宇智波心在通知我必须彻底消灭大蛇丸，不让秽土转生之术流出，作为交换把第五次世界大战之前的剧情记忆都给了我。还对我提出了一个新的合作，不过这个合作也正合我意。
一切尘埃落定，我找到了宁次，实现我曾经对他的承诺。
一阵激烈的白光从我的指尖传到宁次的额头，绿色的咒印像一股青烟消失不见。
宁次的事情引起了日向一族的强烈反弹，他们联合团藏在一处峡谷设伏想要杀了我这个他们心中意图毁灭日向一族和木叶的罪人。
因为天天的通知，我们也事先用部分完全掌握的木叶力量和从大蛇丸那得到的部下，与之一战。
在关键时刻，我因为封黑法印消化大蛇丸力量的副作用，被团藏戳瞎了双眼，宁次和天天以及四人众看到我失去战斗力，都以为我们会死在这里。
我为了让他们安全撤退，凭借感知力确定团藏的位置，解放了三尾的力量，一炮一炮地杀死团藏，令我奇怪的事团藏总能复活。后来我体力不支昏死了过去。
醒来的时候，我深处在一个熟悉的地方，我和红豆的家里，而且我感觉到，红豆就在我身边。
“红豆，木叶的局势怎么样了？为什么我还活着？”
听到我的话，红豆用力地锤了下我的胸口，“别瞎说，你很好，木叶也很好，一切都会越来越好，就像你和我承诺的一样。”
后来，从红豆的嘴里，我得知，在最关键的时刻，一个我想不到的人出现，那个叫做宇智波心的男人出现，杀死了团藏，夺走了团藏的右眼。
后来，团藏雇佣宇智波鼬杀害宇智波一族的事情曝光，根部被瓦解，部分吸收到了暗部的正规队伍里。
在宁次的极力要求下，宇智波心没有为我移植他从团藏手臂扣下来的宇智波一族的写轮眼，而是移植了宁次的双眼，而宁次移植了一双普通的眼睛后，就带着天天离开了木叶，他说只有这样他才是真正的自由。
也许他说的没错，身为忍者，他永远要为村子卖命，即使摆脱了笼中鸟，他的眼睛也不仅仅属于他自己，而且木叶的武器，他人的垂涎欲滴的目标。想起他父亲因白眼而死，他选择把它交给木叶的领导人，他最好的朋友。从此自在。
失明的这段日子，木叶由我先前建立的秘书处管理着，因为火影的任务实在是太复杂了，根本不适合一个还在成长期的我。
因此，我成立了，这个和暗部一样，直接由火影管理的政务部门，秘书处，御手洗红豆为首任秘术长。
长老团剩下的那两个人也有一些小动作，想要夺取村子的权利，后来别村的人派来的忍者把他们杀了。
从此，世界太平。
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