柯南抓着小兰的手走在回家路上，现在自己的口袋里装着的就是可能关于黑衣组织消息的移动硬盘，接下来只要到阿笠博士的电脑上面，把硬盘仔仔细细地搜查一番，到时候肯定能掌握关于黑衣组织的蛛丝马迹，这样算来距离抓到黑衣组织也是指日可待了！
就在柯南畅想美好未来的时候小兰突然感慨：“等待的滋味可真不好受啊，如果你是新一的话不知道有多好。”小兰可能只是随口一说，但是柯南望着小兰眼角的泪痕只能苍白地说：“无论谁变，新一哥哥都不会变，小兰姐姐你就放心吧，新一哥哥一定还是原来的他。”小兰说完拉着柯南继续往前走，柯南在心底暗暗挣扎，不可以，现在绝对不能说，我还要彻底查清他们的身份，在我彻底解决掉他们之前绝对不能说出真相。
小兰的脚步一顿，柯南也随之停了下来，不远处的电话亭打开从里面走出来一个高大的戴着黑色针织帽叼着烟的男子。男子好像也注意到他们，眼神瞟了过来，冷漠的眼神好像世间万物都不能让他停留。
在男人冰雪似的瞳孔里柯南看到了自己警惕的神色。在和男人擦肩而过后柯南问小兰：“小兰姐姐，你认识刚才的那个男人吗？”小兰回忆说：“他是我和新一去纽约的时候认识的，当时我在一栋废弃大楼里等新一，那个男的突然走过来，问我有没有看到一个一头银发满脸胡渣的日本人。”这个形容让新一想起了他放过的银发杀人魔，出没在这种地方的男人一定很危险。
小兰却说：“我看他应该不是什么坏人，因为他的同伴当时穿了一件印有FBI字样的衣服。”FBI？柯南脑袋里的弦绷得更紧了，联邦调查员来日本干什么？这个疑问在柯南脑海里扎根，和小兰一起回家的路上一直心不在焉。
柯南似有所感地转头，只看见一辆低调的黑色轿车从拐角驶离，柯南多看了两眼才收回视线。睦月望着后退的街景，看着眼前屏幕上刚刚小兰和赤井秀一的交锋。
雅纪接起电话，简单地回应了几声，“嗯，没错，再等等，马上。”雅纪挂断电话以后简单地向睦月解释了一句，“琴酒的电话。”睦月瞬间了然。
柯南回到家后匆匆留下一张纸条，告知小兰自己的去向，就夺门而出。柯南现在根本顾不上什么赤井秀一，他的手里仅仅攥着从板仓卓房间里收拾出来的移动硬盘，只要让阿笠博士仔仔细细地检查一下硬盘，就能知道黑衣组织究竟有什么目的了！
柯南揣着火热的心情向阿笠博士家跑去，等到了阿笠博士家，柯南顾不上阿笠博士兴奋地介绍着他刚刚做出的备份追踪眼睛。柯南直接把手中的移动硬盘交到阿笠博士手中，望着柯南希冀的目光，阿笠博士也停下了自己的絮叨，带着硬盘坐到电脑桌前。
柯南从旁边搬来一个椅子，跳上椅子看着阿笠博士，娴熟地操作电脑，点开了板仓卓的研发日记。但是令人失望的是板仓卓的日记中关于黑衣组织的记录寥寥无几，只说黑衣组织在他这里无功而返。
柯南不死心地从阿笠博士手中抢过鼠标滑动着日记，但是确实只有这么一点关于黑衣组织的记录。阿笠博士无意中的感慨激发了柯南的灵感，柯南把中间的留白部分换了一个颜色，字迹就清晰地显露出来。
隐藏中的字迹记录了板仓卓被黑衣组织胁迫研发软件的全过程，最后板仓卓隐晦地透露这个软件可能会对全人类造成威胁，板仓卓到最后也没有完成这个软件的研发，他把半成品的软件和黑衣组织给他的支票藏在别墅电脑前，自己则打算逃到国外。
柯南看着软件交付日期，五天后的晚上，不就是三小时后吗？阿笠博士指着最后的空白部分，柯南操作一番，这部分的字透露出的消息让柯南脑子嗡嗡作响。
我们既是上帝，也是恶魔，企图对抗时间的洪流，让死者复苏，时间倒流。什么意思？这真的是一个软件能够办到的事情吗？
但是现在既然有黑衣组织的消息，那柯南必然是不会错过的。
柯南气喘吁吁地跑进停车场里，他让阿笠博士在停车场外等候着他，他独自一人深入狼穴。他找到板仓卓的别墅，假借板仓卓的身份将黑衣组织约到停车场里。
终于，终于抓到了那个组织的马脚，柯南抑制不住自己内心的激动，先布置下机关然后躲藏在暗处期待着能够得到黑衣组织成员的DNA。
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