那是一个月黑风高的夜晚，黑衣组织总部灯火通明，成员们正全神贯注地应对着来自工藤新一等人的压力。
突然，一阵剧烈的爆／炸声打破了夜的寂静，火光冲天而起，将整个总部照得如同白昼。
“动物园”组织的成员们如鬼魅般从四面八方涌现，他们身着统一的黑色作战服，脸上戴着狰狞的面具，手持精良的武器，向着毫无防备的黑衣组织成员展开了疯狂的屠杀。
琴酒听到爆／炸声，脸色瞬间变得铁青，他猛地站起身来，手中紧握着那把标志性的手／枪，眼神中透露出前所未有的愤怒与震惊。
“怎么回事？！”他怒吼道，声音如同雷霆般在总部大楼内回荡。还没等他得到回应，一群“动物园”组织的敌人已经冲了进来，他来不及多想，抬手便是几／枪，精准地击倒了冲在前面的几个敌人。
而此时，在城市的另一个角落，工藤新一、安室透和赤井秀一等人也察觉到了异样。
他们通过情报网络得知了黑衣组织总部遭受袭击的消息，三人对视一眼，眼中都闪过一丝疑惑与警惕。“这是怎么回事？难道还有第三方势力？”
工藤新一皱着眉头，低声说道。
安室透微微点头，眼神中透露出凝重：“看来事情比我们想象的还要复杂。”赤井秀一则握紧了手中的狙击步枪，冷峻地说道：“不管是谁，我们不能让他们得逞。”
原来，“动物园”组织之所以选择在这个关键时刻出手，背后有着极其险恶的用心。
其一，他们早就对黑衣组织的势力范围垂涎三尺，妄图一举将其铲除，从而独占地下世界的控制权，成为唯一能够主宰全球黑暗角落的霸主。
其二，也是最为关键的一点，他们的首领 Z 先生，一个妄图掌控生死、颠覆世界的狂人，一直在秘密推行着一项名为“天堂计划”的邪恶项目。
Z 先生深受一种极端思想的蛊惑，他坚信一个人的意识是永恒不灭的，而□□却不过是短暂易逝、会衰老腐烂的躯壳。
为了实现自己那荒谬绝伦的“永生”梦想，他决定不惜一切代价设计一种前所未有的技术，能够将人体的意识从□□中剥离出来，使其独立存在于虚拟的空间之中。
一旦成功，他便认为自己拥有了超越生死的永恒生命，而倘若再进一步，能够随心所欲地控制他人的意识，那么他无疑将成为这个世界的无上主宰，如同上帝一般操控着万物的命运。
为了实现这个疯狂的计划，Z 先生四处探寻关键要素。
机缘巧合之下，他得知了一颗传说中拥有无限能量的宝石的存在，而这颗宝石，恰好曾被魔术快斗所拥有。
魔术快斗，这位以精湛魔术技巧闻名于世的神秘人物，平日里行踪飘忽不定，犹如夜空中的流星，难以捉摸。
但“动物园”组织却被那颗宝石迷了心窍，他们如同嗅到血腥味的鲨鱼，不择手段地想要将宝石弄到手。
于是，一场针对魔术快斗的残酷追杀拉开了帷幕。
“动物园”组织派出了他们最精锐的杀手团队，穿梭在城市的各个角落，布下天罗地网。
魔术快斗凭借着高超的魔术技艺和敏捷的身手，一次次巧妙地躲过了追杀，但敌人的数量实在太多，他渐渐陷入了绝境。
最终，在一次激烈的交锋中，魔术快斗寡不敌众，倒在了血泊之中，那颗珍贵的宝石也落入了“动物园”组织的手中。
有了宝石，Z 先生仿佛看到了“天堂计划”成功的曙光。他召集了组织内顶尖的科学家，耗费巨资打造出了一台能够提取意识的巨型机器。
这台机器高耸入云，周身闪烁着诡异的蓝光，内部布满了错综复杂的线路和精密的仪器，仿佛一个来自未来的怪物。
然而，新的问题接踵而至，当他们试图将人的意识导入机器时，却发现人脑根本无法承受如此高强度、刺激性的机器电流。每次试验，受试者都会在极度的痛苦中死去，意识消散得无影无踪。
就在 Z 先生陷入绝望之时，一个意外的转机出现了。
随着宫野志保的逃亡，APTX4869 的相关信息如同决堤的洪水，逐渐泄露出来。
Z 先生手下的研究员们在对这些资料进行深入研究后，惊喜地发现，APTX4869 中的一种特殊生物酶，竟然能够刺激大脑产生足够的活性酶，从而使大脑具备承受机器电流的能力。
这一发现让 Z 先生欣喜若狂，他仿佛看到了通往永生的大门已经敞开。
为了得到 APTX4869 的全部资料，Z 先生开始施展他那阴险狡诈的计谋。
他深知黑衣组织与工藤新一之间的矛盾根深蒂固，宛如两座对峙的火山，随时可能爆发。
于是，他决定巧妙地利用这一点，挑起双方更大规模的争斗，自己则躲在暗处，坐收渔翁之利。他派遣手下的特工，故意在双方之间制造误会，泄露假情报，让局势变得更加混乱不堪。
而此时，黑衣组织和工藤新一等人还蒙在鼓里，他们全身心地投入到彼此的对抗中，丝毫没有察觉到背后那双窥视的眼睛。
直到黑衣组织总部遭受重创，他们才如梦初醒，意识到这场战争背后隐藏着一个更加可怕的阴谋。
琴酒望着满目疮痍的总部，心中满是悔恨与不甘。
琴酒知道，自己的组织已经陷入了前所未有的危机，几乎面临着全军覆没的绝境。
但琴酒骨子里那股不服输的劲头却在此时被彻底激发出来，他握紧了拳头，眼神中透露出决绝：“不管付出什么代价，我一定要让‘动物园’组织血债血偿！”
工藤新一等人也深知，此刻的局势已经发生了根本性的变化，他们不能再局限于与黑衣组织的对抗，必须联合一切可以联合的力量，共同对抗这个新兴的、更加邪恶的“动物园”组织。
于是，他们开始重新制定战略，一场更为浩大、更为艰难的正邪较量，在这片黑暗的世界里正式打响……
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